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TEORIA E PRÁTICA PARA ANÁLISES CLADÍSTICAS DE CARACTERES MORFOLÓGICOS (NUP4001).

Professor(a) ministranteDra. Carla Simone Pavanelli (Responsável); Dr. Luiz Antônio Wanderley Peixoto

Ementa

Inúmeros questionamentos surgem durante a aquisição e análise de dados em um estudo cladístico, os quais são comumente ignorados e, como resultado, afetam negativamente os resultados, discussões e hipóteses de relacionamentos em um determinado grupo de estudo. Portanto, objetiva-se ilustrar as várias etapas do processo de aquisição de dados fenotípicos, implementação e fases pós-analíticas com a utilização recursos computacionais atualmente disponíveis, além da clarificação de conceitos teóricos e práticos em filogenias baseadas em dados fenotípicos, dada sua relevância para a formação pessoal na área de Sistemática. Adicionalmente, objetiva-se estimular a busca de informações em fontes distintas dentro de um contexto morfológico, mediante o surgimento de novos recursos computacionais, os quais proporcionam elucubrações virtualmente infinitas sobre os padrões e processos evolutivos. O curso objetiva uma compreensão majoritariamente prática em análises cladísticas, deste modo, é altamente recomendado que os alunos tenham cursado uma disciplina que aborde conceitos básicos de Sistemática Filogenética. 

Programa:

  1. Introdução aos conceitos básicos para análises cladísticas com caracteres morfológicos;
  2. Tipos e características dos caracteres morfológicos;
  3. Metodologia e processo da aquisição e construção caracteres;
  4. Caracteres quantitativos (contínuos e merísticos) e discretos;
  5. Codificação de caracteres e construção de Matrizes;
  6. Métodos de codificação de caracteres;
  7. Equívocos frequentes e consequências em análises cladísticas;
  8. Principais programas disponíveis para análises cladísticas com morfologia, com ênfase em TNT;
  9. Análise de matrizes com até 30 terminais, 100 ou mais de 100 terminais;
  10.  Algoritmos de busca: paramétricos e não-paramétricos; e máxima parcimônia cladística;
  11. Parâmetros de busca, pesagem contra homoplasias;
  12. Tipos de consenso;
  13. Análises a posteriori: otimização de caracteres, suportes, índices, análises particionadas, análises de sensibilidade, suportes, suportes particionado;
  14.  Representação e edição de topologias.

Avaliação: 

Relatório de análises implementadas em matrizes reais e simuladas, além de apresentação de seminários. 

Bibliografia:

Agnarsson, I. & Miller, J. A. (2008) Is ACCTRAN better than DELTRAN? Cladistics, 24, 1-7. 

de Pinna, M. C. C. (1991) Concepts and tests of homology in the cladistic paradigm. Cladistics, 7, 367-394. 

Catalano, S. A., Goloboff, P. A. & Giannini, N. P. (2010) Phylogenetic morphometrics (I): the use of landmark data in a phylogenetic framework. Cladistics 26, 1-11. 

Farris, J. S. (1989) The retention index and the rescaled consistency index. Cladistics, 5, 417-419. 

Goloboff, P. A. (1993) Estimating character weights during tree search. Cladistics, 9, 83-91. 

Goloboff, P. A. (1997) Self-weighted optimization: tree searches and character state reconstructions under implied transformation costs. Cladistics, 13, 225-245. 

Goloboff, P.A. (1999) Analyzing large data sets in reasonable times: solutions for composite optima. Cladistics, 15, 415-428. 

Goloboff, P.A. (2002) Techniques for analyzing large data sets. In Techniques in molecular systematics and evolution (eds DeSalle R, Giribet G, Wheeler W), pp. 70-79. 

Basel: Brikhäuser Verlag.Goloboff, P. A., Mattoni, C. I. & Quinteros, A. S. (2006) Continuous characters analyzed as such. Cladistics, 22, 589-601. 

Goloboff, P. A., Carpenter, J. M., Salvador Arias, J. & Miranda Esquivel, D. R. (2008) Weighting against homoplasy improves phylogenetic analysis of morphological data sets. Cladistics, 24, 758-773. 

Goloboff, P. A., Farris, J. S. & Nixon, K. C. (2008) TNT, a free program for phylogenetic analysis. Cladistics, 24, 774-786. 

Goloboff P.A., Catalano S.A. (2016) TNT version 1.5, including a full implementation of phylogenetic morphometrics. Cladistics, 32, 221-238. 

Hennig, W. (1966) Phylogenetic systematics. University of Illinois Press, Urbana, 263 pp. 

Kitching, I. L., Forey, P. L., Humphries, C. J. & Williams, D. M. (1998) Cladistics: the theory and practice of parsimony analysis; 2nd ed. The Systematics Association, publ. 11, Oxford University Press, Oxford, 228 pp. 

Lipscomb, D. L. (1992) Parsimony, homology and the analysis of multistate characters. Cladistics, 8, 45-65. 

Nixon, K. C. & Carpenter, J. M. (1993) On out groups. Cladistics, 9, 413-426. Nixon, K. C. & Carpenter, J. M. (1996) On consensus, collapsibility, and clade concordance. Cladistics, 12, 305-321. 

Nixon, K. C. & Carpenter, J. M. (2011) On homology. Cladistics, 27, 1-10. 

Strong, E. E. & Lipscomb, D. L. (1999) Character coding and inapplicable data. Cladistics, 15, 363-371. 

Wheeler W.C. (1995) Sequence alignment, parameter sensitivity, and the phylogenetic analysis of molecular data. Systematic Biology, 44, 321-331. 

Wiens, J. J. (2000) Phylogenetic analysis of morphological data. Smithsonian Institution Press, Washington and London, 230 pp. 

Wiley, E. O. & Lieberman, B. S. (2011) Phylogenetics: theory and practice of phylogenetic systematics; 2nd ed. John Wiley & Sons, New Jersey, 406 pp.